《合金弹头战略版》挑选三个角色组成小队，一共四个大关，你可以只打两个大关、三个大关或者四个大关全打完。每个大关内，打完几个小关后会出现boss关卡。关卡开始时，需要把三个角色指定一下开场位置。每一关都有主线任务和支线加分任务。主线任务必须完成，支线任务完成了有额外奖励。在大关打完之后，可以在商店购物、更换和升级装备。游戏外部的框架和陷阵之志基本是一样的，不一样的地方主要体现在战斗系统上。
首先，敌人的攻击模式并不是预先攻击。大部分敌人都是像普通战棋那样，自己回合开始了才攻击。当然，也有一些大范围的aoe需要根据预警进行躲避。关卡的目标也不是以保护建筑为主，而是有二十多种随机的目标，包括了全歼、突围、护送、拦截等等。其次，每个角色分主副武器和技能，主手无限弹药，副手武器更强，但是有弹药量限制。且它是跨关卡的，如果不找到机会补充，用一发就少一发。
技能则是分主被动，初始就携带，后续关卡会逐渐从池子中随机获得进行构筑。武器可以通过安装插件的方式升级，最多三种插件。插件也可以进行升级，而技能也能升级。所以一个角色在构筑方面养成性还是挺高的，但以上这些其实都不算是真正独特的系统。真正让游戏做出自己特色的是一个核心规则，那就是闪避。
虽然说它是陷阵之志，但实际上敌人攻击是否可预见，对于战斗系统的影响是相当深的。在游戏中，站场的范围并不算大，且敌我相互之间的移动力都比较强。新上手的玩家通常会觉得，每一关的敌人数量要比自己多四五倍，到处都是敌人。地图又小，又不能像ITB那样提前知道敌人打哪，那怎么躲呢？
只能说这款游戏不能用一般的战棋思维去玩，因为它有一个很特殊的闪避机制。你的角色每移动数个格子就会获得一点闪避，通常走到最大距离会获得两点。闪避并不是杀戮尖塔里面的格挡，而是硬减伤。比如角色获得两点闪避，有两个攻击力为四的敌人打你，那实际被攻击一次，受到的伤害就只有二了。
如果你走到建筑旁边，还会再获得两点闪避，加到一起就是四点减伤了。所以在一般的战棋游戏中，派一个棋子深入腹地，可能就是纯送死行为。但在本作中，只要你获得足够高的闪避，就可以把棋子走到看似很危险的地方。
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